La Síndrome Reproductiva i Respiratòria Porcina (SRRP) és una de les malalties amb major impacte econòmic al sector de la producció . Malauradament, de vegades les vacunes comercialitzades ofereixen només una certa protecció.
Font: UABdivulga
Ara, gràcies a la bioinformàtica, es poden conèixer i localitzar els fragments del virus, clau en el reconeixement immunològic, d'una manera més econòmica. Investigadors de la Universitat Autònoma de Barcelona han estat pioners en la combinació de la bioinformàtica amb assajos immunològics en el mesurament de respostes cel·lulars, en relació amb una malaltia porcina.
Les vacunes comercials ofereixen només certa protecció
En determinades ocasions, les vacunes comercialitzades ofereixen només una certa protecció, a causa de l'elevada variabilitat genètica del virus i la inusual resposta immune que desenvolupen els porcs, la qual cosa limita el seu ús pràctic. Per altra banda, el genoma del virus causant del SRRP està organitzat en nou fragments d'ARN que codifiquen les proteïnes que són necessàries durant la replicació del virus i les que conformen l'estructura pròpiament. Una de les metodologies que pot aplicar-se per a conèixer la localització dels epítops (fragments del virus que seran reconeguts per les cèl·lules del sistema immune, entre elles els limfòcits) es basa en la síntesi de nombrosos segments de cada proteïna i la posterior anàlisi immunològica en el laboratori. Aquesta metodologia és una tasca àrdua i costosa.
L'ús de la bioinformàtica abarateix els costos
En canvi, realitzar una predicció utilitzant eines bioinformàtiques és molt més barata, ajudant a realitzar una primera garbella i, per tant, restringint el nombre de fragments de proteïna a examinar al laboratori. Malgrat això, aquesta tècnica pràcticament no s'ha utilitzat en treballs que tinguin com objecte d'estudi una espècie domèstica. De fet, el present article ha estat el primer a aplicar aquesta metodologia combinada en l'avaluació de la resposta cel·lular enfront d'una malaltia del porc. Els resultats obtinguts han demostrat que la metodologia aplicada és útil. D'una banda s'ha confirmat la localització dels epítops de la GP5 descrits prèviament per un altre grup que havia utilitzat una metodologia clàssica, i per l'altra, s'han localitzat nous epítops del virus, tant en la proteïna N com, en un menor grau, en la GP4 i en la GP5. Finalment, usant un ampli banc de dades de seqüències del virus, s'ha demostrat que alguns dels epítops descrits són comuns a totes les cepes i que per tant haurien de tenir-se en compte en la creació de futures vacunes de tercera generació.
